Sông Congo được hình thành cách nay 1,5-2 triệu năm trong Pleistocen.[8]

Sự hình thành sông Congo có thể đã dẫn đến sự biệt hóa allopatric của tinh tinh lùn và tinh tinh thông thường từ tổ tiên gần nhất của chúng.[9] Bonobo là loài đặc hữu của rừng nhiệt đới trong khu vực, cũng như các loài khác mang tính biểu tượng như khỉ đầm lầy Allen, khỉ Dryas, aquatic genet, okapi và Congo Peafowl.[10][11]

Về sinh vật thủy sinh, lưu vực sông Congo sự phong phú rất cao về số loài, và nhiều trong số đó là các loài đặc hữu.[12] Cho đến nay, hầu hết 700 loài cá đã được ghi nhận trong lưu vực sông này, và còn phần lớn vẫn chưa được nghiên cứu.[13] Do chưa nghiên cứu hết và sự khác biệt sinh thái lớn giữa các vùng trong lưu vực, người ta thường chia lưu vực thành nhiều vùng sinh thái. Trong số các vùng sinh thái, chỉ tính riêng vùng hạ Congo thì có hơn 300 loài cá, trong đó có khoảng 80 loài đặc hữu[7] trong khi vùng tây nam (sông Kasai) có khoảng 200 loài cá với 1/4 là các loài đặc hữu.[14] Các họ các chủ yếu trong sông là Cyprinidae, Mormyridae, Alestidae, Mochokidae, và Cichlidae.[15] Trong số đó các loài bản địa là rất lớn, nhiều loài cá ăn thịt cá hổ khổng lồ. Hai trong số nhiều loài cá hoàng đế đặc hữu bất thường là whitish (non-pigmented) và Lamprologus lethops mù, chúng được tin là sống trong môi trường nước sâu khoảng 160 mét (520 ft),[7] và Heterochromis multidens, là loài có biểu hiện quan hệ gần gũi với cá Hoàng đế châu Mỹ hơn là họ này ở châu Phi.[16] Cũng có nhiều loài ếch và ốc sên đặc hữu.[15][17]